กว่าจะมาเป็น “ศูนย์วิจัยโรคเอดส์ สภากาชาดไทย” เริ่มจาก ปีพ.ศ. 2528 พบผู้ป่วยที่ติดเชื้อเอชไอวี 2 รายแรกในประเทศไทย ณ โรงพยาบาจุฬาลงกรณ์ หลังจากนั้นก็ตรวจพบว่ามีคนติดเชื้อเพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ ซึ่งในขณะนั้นคนที่ติดเชื้อเป็นที่รังเกียจและถูกตีตรา ถูกไล่ออกจากงาน และบ้านเช่า จนทำให้บางรายตัดสินใจฆ่าตัวตาย เหตุการณ์ปัญหาต่างๆ ที่ตามมาเหล่านี้ แสดงให้เห็นว่าสังคมไทยในขณะนั้นมีความไม่เข้าใจในเรื่องโรคเอดส์ สภากาชาดไทย จึงมีมติให้จัดตั้ง “โครงการโรคเอดส์” (Center for AIDS Research and Education (CARE) เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2532 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อดำเนินงานเกี่ยวกับโรคเอดส์ มุ่งเน้นในเรื่องการให้บริการ การศึกษาวิจัยทั้งด้านการแพทย์ และสังคมในทุกภาคส่วน รวมทั้งถ่ายทอด ผลักดันและสนับสนุน นโยบายที่เกี่ยวกับโรคเอดส์ของประเทศและภูมิภาค
จากนั้น เมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2534 สภากาชาดไทยได้ขานรับนโยบายขององค์การอนามัยโลก ให้จัดตั้ง คลีนิคนิรนาม สภากาชาดไทย โดยให้อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ โครงการโรคเอดส์ ณ บริเวณสถานเสาวภา ข้างอาคารรังสิตา
คลีนิคนิรนาม สภากาชาดไทย เป็นคลีนิคนิรนามสมบูรณ์แบบแห่งแรกที่ตั้งขึ้นในประเทศไทย และทวีปเอเชีย ที่บริการให้คำปรึกษา แนะนำ และตรวจหาเชื้อเอชไอวี โดยสมัครใจแก่ประชาชนทั่วไปและผู้มีพฤติกรรมเสี่ยง มีการรักษาความลับของผู้ที่มาใช้บริการอย่างดีที่สุด รวมทั้งมีการให้คำปรึกษาแนะนำที่ดีทั้งก่อนและหลังการตรวจ เพื่อปรับเปลี่ยนพฤติกรรมไม่ให้เสี่ยงต่อการติดเชื้อเอชไอวี และโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์อื่นๆ ขึ้นมาภายหลัง
จากการดำเนินงานของ โครงการโรคเอดส์ มาอย่างต่อเนื่องจนมีผลงานเป็นที่ประจักษ์ทั้งในประเทศและต่างประเทศ สภากาชาดไทย จึงมีมติให้ปรับสถานะของ “โครงการ” เดิมเป็นงานเฉพาะกิจขึ้นเป็น “ศูนย์” ซึ่งเป็นสถานภาพที่ถาวรเรียกว่า “ศูนย์วิจัยโรคเอดส์ สภากาชาดไทย” เมื่อวันที่ 17 มีนาคม พ.ศ. 2541 โดยเป็นหน่วยงานชำนัญพิเศษที่อยู่ภายใต้สภากาชาดไทย และต่อมาศูนย์วิจัยโรคเอดส์ สภากาชาดไทย และคลีนิคนิรนาม ได้ย้ายสำนักงานมาที่ทำการใหม่ ณ สถานีสูบจ่ายน้ำลุมพินี การประปานครหลวง ตรงสามแยกถนนราชดำริ เมื่อปี พ.ศ. 2546
ปัจจุบัน ศูนย์วิจัยโรคเอดส์ สภากาชาดไทย ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ศูนย์วิจัยโรคเอดส์และโรคติดเชื้อ สภากาชาดไทย” (Thai Red Cross AIDS and Infectious Diseases Research Centre) ตามมติที่ประชุมคณะกรรมการบริหาร ครั้งที่ 8/2567 เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 2567 ซึ่งเริ่มใช้ชื่อใหม่อย่างเป็นทางการตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2567 เป็นต้นไป เพื่อขยายขอบเขตการให้บริการทางการแพทย์ให้ครอบคลุมโรคติดเชื้ออื่น ๆ ที่เป็นโรคสำคัญและขยายขอบเขตของการวิจัยให้ครอบคลุมโรคติดเชื้อที่เกี่ยวข้องกับ HIV/AIDS
